Jérémie Mignotte débute la musique à l'âge de 10 ans par la clarinette puis la guitare. En 1992, il commence l’étude de la flûte traversière et obtient un DEM Jazz à l’École Nationale de Musique de Villeurbanne, où il est l’un des rares étudiants à aborder le Jazz et les musiques improvisées sur cet instrument.

Il s’oriente vers les musiques traditionnelles et opte pour une nouvelle flûte de lutherie artisanale en bois, et tourne avec les groupes de bal folk Djal et Vach’inton(G). Lors de tournées et d’enregistrements divers, il travaille également avec l’accordéoniste Norbert Pignol et les chanteurs Gérard Pierron et Evelyne Girardon notamment.

ll joue aussi de la musique irlandaise en duo avec le guitariste et bouzoukiste Jean Banwarth puis au sein du groupe Goltraige. Multi-instrumentiste, il joue des percussions et de la guitare et utilise aussi un pédalier de boucles notamment dans son concert et bal solo « Miscellanies », spectacle constitué de ses propres compositions.